حوزه علمیه مراغه در قدیم یکی از مراکز علمی بودوعالمانی چون خواجه نصیرالدین طوسی،علامه حلی ، قطب الدین شیرازی،مجدالدین مراغی وسید رکن الدین استر آبادی در آن بودند،مردم مراغه سنی بوده و بعد از پایتخت شدن مراغه توسط ایلخانیان در دوره خواجه نصیرالدین طوسی ورفت وآمد هایی که علامه حلی به مراغه داشته،مردم مناطق مراغه ،زنجان وتبریز همه به مکتب اهل بیت وتشیع گرایش پیداکردندوحوزه شیعی در مراغه شکل گرفت.مراغه در گذشته ۲۲ وطبق برخی نوشته ها ۲۴ مدرسه علمیه داشته است.مدارس علمیه مراغه در دوره قاجار وبقیه هم در دوره پهلوی غصب شده واز بین رفته بود به گونه ای که بعد از انقلاب فقط یک مدرسه کوچک به همت یکی از علما باقی مانده بود که بعد از فوت ایشان از بین رفت.پس از انتصاب آیت الله محمدتقی پور محمدی به امامت جمعه مراغه در سال ۱۳۷۷،وی پس از مطالعه و بررسی پیشینه حوزخ علمیه این شهر،تاسیس واحیا مدارس علمیه این شهر رادر اولویت کاری خود قرار دادو۱۷ روز پس از ورود به مراغه عملیات عمرانی ساختمان مدرسه حضرت امیرالمومنین را شروع کردودر عرض چند ماه آن را به اتمام رساندوبعد از چند ماه حوزه علمیه مراغه رسما فعالیت خود را آغازکرد.مدرسه علمیه فاطمه الزهرا (س) نیز به مدیریت سرکار خانم واعظ سلطانی همزمان با افتتاح مدرسه برادران تاسیس شد ولی در ابتدا تاسیس به دلیل نداشتن ساختمان مستقل طلاب این مدرسه در ساختمان استیجاری سکونت داشتند.ساختمان جدید این مدرسه در سال ۱۳۹۲با همت آیت الله پور محمدی در بهترین نقطه شهراحداث شد ودر اختیار طلاب خواهر قرار گرفت.